Классификация, структура и особенности биологии вирусов

Субвирусные агенты

Следующее инфекционные агенты меньше вирусов и обладают лишь некоторыми из их свойств.

Вироиды и вирусозависимые агенты

Вироиды

• Семья Avsunviroidae
  • Род Авсунвироид; типовой вид: Вироид для солнечных пятен с авокадо
  • Род Пеламовироид; типовой вид: Вироид скрытой мозаики персика
  • Род Элавироид; типовой вид: Скрытый вироид баклажана
• Семья Pospiviroidae
  • Род Поспивироид; типовой вид: Вироид веретеновидности клубней картофеля
  • Род Hostuviroid; типовой вид: Хоп-трюк вироид
  • Род Кокадвироид; типовой вид: Кокосовый вироид каданг-каданг
  • Род Апскавироид; типовой вид: Вироид кожи яблочного шрама
  • Род Coleviroid; типовой вид: Колеус blumei viroid 1

Спутники

Сателлиты зависят от коинфекции клетки-хозяина вспомогательный вирус для продуктивного размножения. Их нуклеиновые кислоты имеют существенно отличные нуклеотидные последовательности либо от своего вируса-помощника, либо от хозяина. Когда сателлитный субвирусный агент кодирует белок оболочки, в который он инкапсулирован, его тогда называют сателлитным вирусом.

Сателлитные нуклеиновые кислоты напоминают сателлитные нуклеиновые кислоты тем, что они реплицируются с помощью вспомогательных вирусов. Однако они отличаются тем, что могут кодировать функции, которые могут способствовать успеху их вспомогательных вирусов; хотя иногда их считают геномными элементами своих вспомогательных вирусов, они не всегда обнаруживаются внутри их вспомогательных вирусов.

• Спутниковые вирусы
  • Одноцепочечные РНК-сателлитные вирусы
    • (Без рейтинга) Вирус-спутник хронического пчелиного паралича группа
    • Семья (без названия Виртовирус группа)
    • Семья Sarthroviridae
    • (Без рейтинга) Комменсальный X-вирус Nilaparvata lugens группа
  • Двухцепочечные ДНК-сателлитные вирусы
  • Одноцепочечный ДНК

    Род Депендопарвовирус

    спутниковые вирусы

• Спутниковые нуклеиновые кислоты
  • Одноцепочечные сателлитные ДНК
    • Семья Alphasatellitidae (кодирует белок инициатора репликации)
    • Семья Tolecusatellitidae (кодирует детерминанту патогенности βC1)
  • Двухцепочечные сателлитные РНК
  • Одноцепочечные сателлитные РНК
    • Подгруппа 1: большие спутниковые РНК
    • Подгруппа 2: малые линейные спутниковые РНК
    • Подгруппа 3: круговые спутниковые РНК (вирусоиды )
    • Род Дельтавирус
    • Полеровирус -ассоциированные РНК
  • Спутниковая РНК
  • Спутниковая ДНК

Дефектные мешающие частицы

Дефектные мешающие частицы — это дефектные вирусы, которые утратили способность к репликации, за исключением присутствия вспомогательного вируса, которым обычно является родительский вирус. Они также могут влиять на вирус-помощник.

• Дефектные мешающие частицы (РНК)
• Дефектные мешающие частицы (ДНК)

Прионы

Прионы, названные по их описанию как «белковые инфекционные частицы», не содержат нуклеиновых кислот или вирусоподобных частиц. Они сопротивляются процедурам инактивации, которые обычно влияют на нуклеиновые кислоты.

• Прионы млекопитающих:
• Грибковые прионы:
  • PSI + прион Saccharomyces cerevisiae
  • Прион URE3 из Saccharomyces cerevisiae
  • RNQ / PIN + прион Saccharomyces cerevisiae
  • Het-s прион Podospora anserina

Классификация ICTV

Сравнение таксономии вирусов 1991 и 2018b по ICTV

Международный комитет по таксономии вирусов начали разрабатывать и внедрять правила именования и классификации вирусов в начале 1970 — х годов, в усилие , которое продолжается до настоящего времени . ICTV — единственный орган, которому Международный союз микробиологических обществ возложил задачу разработки, уточнения и поддержания универсальной таксономии вирусов. Эта система имеет много общих черт с системой классификации клеточных организмов , например структуру таксона . Однако существуют некоторые различия, такие как универсальное использование курсива для всех таксономических названий, в отличие от Международного кодекса номенклатуры водорослей, грибов и растений и Международного кодекса зоологической номенклатуры .

Классификация вирусов начинается на уровне области и продолжается следующим образом, с таксономическими суффиксами в скобках:

Царство ( -viria )

Подобласть ( -vira )

( -virae )

Подцарство ( -виритес )

Филюм ( -viricota )

Подтип ( -viricotina )

Класс ( -viricetes )

Подкласс ( -viricetidae )

Заказ ( -виралес )

Подотряд ( -virineae )

Семья ( -viridae )

Подсемейство ( -virinae )

Род ( -вирус )

Подрод ( -вирус )

Разновидность

В отличие от системы биномиальной номенклатуры, принятой для клеточных видов, в настоящее время не существует стандартизированной формы для названий видов вирусов. В настоящее время ICTV требует, чтобы название вида содержало как можно меньше слов, оставаясь при этом отличным, и должно содержать не только слово «вирус» и имя хоста. Названия видов часто имеют форму вируса , особенно для высших растений и животных. В 2019 году ICTV опубликовало предложение о принятии более формализованной системы биномиальной номенклатуры названий видов вирусов, которое будет проголосовано в 2020 году. Однако некоторые вирусологи позже возражали против возможного изменения системы именования, утверждая, что дебаты начались, когда многие поля были заняты из -за пандемии COVID-19 .

С 2019 года используются все уровни таксонов, кроме субрегиона, субкоролевства и подкласса. Выделяются четыре области, один порядок incertae sedis , 24 семейства incertae sedis и три рода incertae sedis :

Realms : Duplodnaviria , Monodnaviria , Adnaviria , Ribozyviria , Riboviria и Varidnaviria

Incertae SEDIS семьи :

• Alphasatellitidae
• Ampullaviridae
• Anelloviridae
• Avsunviroidae
• Baculoviridae
• Bicaudaviridae
• Clavaviridae
• Finnlakeviridae
• Fuselloviridae
• Globuloviridae
• Guttaviridae
• Halspiviridae
• Hytrosaviridae
• Нимавириды
• Nudiviridae
• Оваливириды
• Plasmaviridae
• Полиднавириды
• Portogloboviridae
• Pospiviroidae
• Спиравиры
• Thaspiviridae
• Tolecusatellitidae
• Tristromaviridae

Роды Incertae sedis : Deltavirus , Dinodnavirus , Rhizidiovirus

Классификация вирусов на основе структуры

Было высказано предположение, что сходство в сборке и структуре вирусов, наблюдаемых для определенных вирусных групп, инфицирующих хозяев из разных сфер жизни (например, бактериальных теквирусов и эукариотических аденовирусов или прокариотических Caudovirales и эукариотических герпесвирусов), отражает эволюционные отношения между этими вирусами. Поэтому было предложено использовать структурную взаимосвязь между вирусами в качестве основы для определения таксонов более высокого уровня — вирусных линий на основе структуры — которые могли бы дополнить схему классификации ICTV 2010 года.

ICTV постепенно добавлял много таксонов более высокого уровня, используя отношения в складках белков. Все четыре области, определенные в выпуске 2019 года, определяются наличием белка определенного структурного семейства.

Классификация вирусов на основе присутствующего генетического материала

Вирусы можно классифицировать по типу генетического материала, который они содержат. Существует два основных типа генетического материала, который могут иметь вирусы: ДНК (дезоксирибонуклеиновая кислота) или РНК (рибонуклеиновая кислота). На основании этого различия вирусы можно разделить на следующие группы:

1. ДНК вирусы: Эти вирусы имеют ДНК в качестве генетического материала. Примеры ДНК-вирусов включают герпесвирусы, поксвирусы и аденовирусы.
2. РНК-вирусы: Эти вирусы имеют РНК в качестве генетического материала. РНК-вирусы можно разделить на следующие категории:
   • а. РНК-вирусы с положительным смыслом: Эти вирусы имеют РНК, которая может напрямую транслироваться в белки клетками-хозяевами. Примеры РНК-вирусов с положительным смыслом включают вирус простуды (риновирус) и вирус гепатита С.
   • б. РНК-вирусы с отрицательным смыслом: Эти вирусы имеют РНК, которая должна быть преобразована в РНК с положительным смыслом, прежде чем она сможет быть переведена в белки клетками-хозяевами. Примеры РНК-вирусов с отрицательным смыслом включают вирус Эбола и вирус бешенства.
   • в. Двухцепочечные РНК-содержащие вирусы: Эти вирусы имеют двухцепочечную РНК, что означает наличие двух комплементарных нитей РНК. Примеры двухцепочечных РНК-вирусов включают ротавирус, который является частой причиной диареи у маленьких детей.
   • д. Ретровирусы: Эти вирусы имеют РНК в качестве генетического материала, но используют фермент обратной транскриптазы для преобразования своей РНК в ДНК, которая затем интегрируется в геном клетки-хозяина. Примеры ретровирусов включают ВИЧ (вирус иммунодефицита человека), который вызывает СПИД.
3. ДНК-РНК вирусы: Лейковирусы и вирусы Рауса представляют собой РНК-опухолевые вирусы, которые содержат как ДНК, так и РНК в качестве генетического материала.

Примеры РНК, ДНК, ДНК-РНК вируса

ДНК-вирусы	ДНК-РНК вирусы	РНК-вирусы
аденовирус	Вирус гепатита В	Риновирус (РНК-вирус с положительным смыслом)
Вирус простого герпеса	Вирус гепатита D	Вирус гепатита С (РНК-вирус с положительным смыслом)
папилломы	Вирус гепатита Е	Вирус Эбола (РНК-вирус с отрицательным смыслом)
Поксвирус	Вирус гепатита G	Вирус бешенства (РНК-вирус с отрицательным смыслом)
Вирус ветряной оспы		Ротавирус (двухцепочечный РНК-вирус)
Вирус Эпштейна-Барра		Вирус гриппа (сегментированный РНК-вирус с отрицательным смыслом)
Вирус цитомегалии		Вирус кори (РНК-вирус с отрицательным смыслом)
Вирус папилломы человека		Вирус эпидемического паротита (РНК-вирус с отрицательным смыслом)
Полиомавирус		ВИЧ (ретровирус)
Парвовирус B19		вирус Зика (РНК-вирус с положительным смыслом)

Классификация вирусов – (а) вирус с двухцепочечной ДНК (б) вирус с одноцепочечной ДНК

Различия между РНК, ДНК, ДНК-РНК вирусом

Характеристика	РНК-вирусы	ДНК-вирусы	ДНК-РНК вирусы
Генетический материал	РНК	ДНК	И РНК, и ДНК
Местоположение репликации	цитоплазма	Ядро	И цитоплазма, и ядро
Механизм репликации	РНК-зависимая РНК-полимераза	ДНК-зависимый ДНК-полимераза	Обратная транскрипция
Скорость мутации	High	Низкий	Низкий
Примеры	Вирус гриппа, ВИЧ, вирус гепатита С	Вирус простого герпеса, вирус папилломы человека, вирус ветряной оспы	Вирус гепатита В, ретровирусы (например, ВИЧ)

Классификация вирусов – (а) вирус с двухцепочечной РНК (б) вирус с одноцепочечной РНК

Некоторые системы классификации вирусов

Попытки классифицировать их предпринимались за долго до получения данных по морфологии, структуре и биохимического состава вирусов.

Одна из первых предложена в 1927 году Д. Джонсоном. При обозначении вирусов указывалось название растения-хозяина, добавляя слово «вирус» и порядковый номер обнаружения вируса на конкретном растении. При такой классификации вирус табачной мозаики, получил название табачный вирус 1. Следующий вирус, обнаруженный на табаке, получил название табачный вирус 2. При таком подходе в одну группу попадали абсолютные разные вирусы.

Одновременно предлагалось классифицировать вирусы по насекомым переносчикам. Но есть вирусы, переносимые многими переносчиками, а так же различные вирусы, переносимые одним и тем же переносчиков. Кроме того, существуют вирусы не имеющие переносчиков.

Классификация вирусов по симптомам болезней так же не явилась определяющей, поскольку существует множество болезней со сходными симптомами.

В 1935 году Стенли получил вирус в кристаллическом виде. Тут же было выдвинута идея систематизировать вирусы по их способности к кристаллизации (Кристаллобиотэ и Плазмобиотэ).

В 1937 К. Смит предложил видоизменить систему Д. Джонсона. Вирус обозначался родовым названием растения с добавлением к нему слова «вирус» и соответствующей цифру, а для штамма еще и буквы. В данной системе вирус табачной мозаики получил наименование Nicotianavirus1.

Ф. Холмс (1939,1948) предложил биноминарную номенклатуру вирусов и обосновал принцип единой классификации всех вирусов. Он объединил вирусы в порядок Virales с тремя подпорядками: Phgineae (бактериофаги), Phytophagineae (вирусы растений), Zoophagineae (вирусы животных). Однако и данная классификация не учитывает все возможные свойства вирусов.

В 1966 году А.Е. Проценко предложил классифицировать фитопатогенные вирусы на основании строения и свойствах вирусных частиц (вирионов). По мере накопления сведений о вирусах, классификация на основании характеристики вирионов стала представляться самой объективной.

В 1971 году Б.Д. Харрисон предложил использовать для классификации вирусов около 50 признаков. На основании их сравнительного анализа фитовирусы были объединены в 26 групп.

В 1966 году на Международном микробиологическом конгрессе в Москве был создан Международный Комитет по номенклатуре вирусов. Это позволило значительно упорядочить классификацию и номенклатуру вирусов. В 1973 году этот комитет получил название Международный Комитет по таксономии вирусов – МКТВ (International CommitteeonTaxonomyof Viruses– ICTV). Данный комитет готовит и публикует доклады по усовершенствованной на данное время таксономии и номенклатуре вирусов.

В 1971 году американский биохимик, вирусолог, молекулярный биолог, лауреат Нобелевской премии Д. Балтимор предложил классифицировать вирусы на основе типа геномной нуклеиновой кислоты и способе ее репликации. Балтимор разделил вирусы на 7 групп:

Классификация ICTV

Сравнение таксономии вирусов 1991 и 2019 гг. По ICTV

В Международный комитет по таксономии вирусов начал разрабатывать и внедрять правила именования и классификации вирусов в начале 1970-х годов, и эта работа продолжается и по сей день. ICTV — единственный орган, которому Международный союз микробиологических обществ с задачей разработки, уточнения и поддержания универсальной таксономии вирусов. Эта система имеет много общих черт с системой классификации сотовой связи. организмы, такие как таксон структура. Однако существуют некоторые различия, такие как универсальное использование курсива для всех таксономических названий, в отличие от Международный кодекс номенклатуры водорослей, грибов и растений и Международный кодекс зоологической номенклатуры.

Классификация вирусов начинается на уровне области и продолжается следующим образом, с таксономическими суффиксами в скобках:

Царство (-вирия)

Подобласть (-вира)

Королевство (-виры)

Подцарство (-вириты)

Тип (-viricota)

Подтип (-вирикотина)

Класс (-viricetes)

Подкласс (-viricetidae)

порядок (-виралес)

Подзаказ (-virineae)

Семья (-viridae)

Подсемейство (-virinae)

Род (-вирус)

Подрод (-вирус)

Виды

В отличие от системы биноминальная номенклатура принятая для клеточных видов, в настоящее время не существует стандартизированной формы для названий видов вирусов. В настоящее время ICTV требует, чтобы название вида содержало как можно меньше слов, оставаясь при этом отличным, и должно содержать не только слово «вирус» и имя хоста. Названия видов часто имеют форму вирус, особенно для высших растений и животных. В 2019 году ICTV опубликовало предложение о принятии более формализованной системы биномиальной номенклатуры названий видов вирусов, которое будет принято на голосование в 2020 году. Однако некоторые вирусологи позже возражали против возможного изменения системы именования, утверждая, что дебаты начались, когда многие в этой области были озабочены из-за COVID-19 пандемия.

По состоянию на 2019 год используются все уровни таксонов, кроме субрегиона, субкоролевства и подкласса. Четыре incertae sedis царства, один incertae sedis заказ, 24 incertae sedis семьи и три incertae sedis родов признаны:

Царства: Дуплоднавирия, Моноднавирия, Рибовирия, и Вариднавирия

Incertae sedis порядок: Ligamenvirales

Incertae sedis семьи:

• Alphasatellitidae
• Ampullaviridae
• Anelloviridae
• Avsunviroidae
• Baculoviridae
• Bicaudaviridae
• Clavaviridae
• Finnlakeviridae
• Fuselloviridae
• Globuloviridae
• Guttaviridae
• Halspiviridae
• Hytrosaviridae
• Нимавириды
• Nudiviridae
• Оваливириды
• Plasmaviridae
• Полиднавириды
• Portogloboviridae
• Pospiviroidae
• Спиравиры
• Thaspiviridae
• Tolecusatellitidae
• Tristromaviridae

Incertae sedis роды: Дельтавирус, Диноднавирус, Ризидиовирус

Что такое вирус?

• Вирусы — это микроскопические неклеточные инфекционные агенты, которые могут реплицироваться только внутри хозяина. ячейка. С биологической точки зрения вирусы нельзя разделить ни на живые, ни на неживые организмы. Вирус – это инфекционный агент, который может размножаться только внутри своего хозяина. Это потому, что они обладают отличительными характеристиками как живых организмов, так и неживых существ.
• Вирусы — это инфекционные неклеточные объекты, состоящие из генетического материала и белка, которые могут проникать и размножаться только в живых клетках бактерий, растений и животных.
• Патоген, например, не может размножаться вне клетки-хозяина. Это связано с тем, что у вирусов отсутствует необходимый клеточный аппарат. Поэтому он проникает в конкретную клетку-хозяина и прикрепляется к ней, вводит свой генетический материал, размножается с использованием генетического материала хозяина, а затем клетка-хозяин разрывается, высвобождая новые вирусы.
• Вирусы, в отличие от всех других биологических организмов, могут кристаллизоваться. Из-за этих факторов вирусы классифицируются как промежуточные между живыми и неживыми существами.

Структура и функции вирусов

• Вне клетки-хозяина вирусы неактивны. Даже крошечные вирусы, такие как полиомиелит и вирус табачной мозаики, могут кристаллизоваться. Вирусы не способны генерировать энергию.
• Как облигатные внутриклеточные паразиты, они полагаются на сложный биохимический аппарат эукариотических или прокариотических клеток для своего размножения. Основная функция вируса заключается в доставке своего генома в клетку-хозяина, чтобы он мог экспрессироваться (транскрибироваться и транслироваться) клеткой-хозяином.
• Вирион представляет собой полностью собранный инфекционный вирус. Простейшие вирионы состоят из двух основных компонентов: нуклеиновой кислоты (одно- или двухцепочечной РНК или ДНК) и белковой оболочки — капсида, который защищает вирусный геном от нуклеаз и прикрепляет вирион к специфическим рецепторам на поверхности предполагаемого вируса. клетка-хозяин во время инфекции.
• Геном вируса кодирует капсидные белки. Из-за своего небольшого размера геном кодирует ограниченное количество структурных белков (в дополнение к неструктурным регуляторным белкам, участвующим в репликации вируса).
• Капсиды состоят только из одного или нескольких видов структурных белков и образованы в виде одинарных или двойных белковых оболочек. Следовательно, множественные копии белка должны самособираться, чтобы образовать непрерывную трехмерную структуру капсида.
• Самосборка вирусных капсидов следует двум фундаментальным схемам: спиральной симметрии, при которой белковые субъединицы и нуклеиновая кислота расположены в виде спирали, и икосаэдрической симметрии, при которой белковые субъединицы собираются в симметричную оболочку, окружающую ядро, содержащее нуклеиновую кислоту. .
• Некоторые семейства вирусов имеют оболочку, которая обычно частично происходит из модифицированных мембран клетки-хозяина. Оболочки вирусов состоят из двойного липидного слоя, окружающего оболочку ассоциированных с мембраной белков, кодируемых вирусом. Внешний слой двойного слоя усеян гликозилированными (транс-) мембранными белками, кодируемыми вирусами.
• Следовательно, вирусы с оболочкой часто демонстрируют некоторую степень гликопротеин шипы или ручки, также известные как пепломеры.
• У вирусов, которые приобретают свою оболочку, выходя через плазматическую мембрану или другую внутриклеточную клеточную мембрану, липидный состав оболочки очень похож на состав специфической мембраны хозяина.
• Гликозилирование белков внешнего капсида и оболочки вирусов имеет решающее значение для определения круга хозяев и антигенного состава вириона. Помимо белков оболочки, специфичных для вируса, многообещающий вирусы переносят белки клетки-хозяина как неотъемлемые компоненты оболочки. Оболочки вирусов можно рассматривать как дополнительный уровень защиты.
• Более крупные вирусы обычно имеют сложную архитектуру со спиральной и изометрической симметрией, ограниченной отдельными структурными компонентами.
• Небольшие вирусы, такие как вирус гепатита В или представители семейства пикорнавирусов или парвовирусов, на несколько порядков более устойчивы, чем крупные сложные вирусы, например, принадлежащие к семействам герпеса или ретровирусов.

Организационная структура

Организация разделена на исполнительный комитет, который включает в себя избранные роли с фиксированным сроком, и шесть подкомитетов, каждый из которых далее делится на многочисленные «исследовательские группы», каждая из которых состоит из одного председателя и переменного числа членов, посвященных таксономии. определенного таксона, например отряда или семейства. Эту структуру можно визуализировать следующим образом:

Исполнительный комитет

• Президент
• Вице-президент
• Секретари

• Бизнес-секретарь
• Секретарь по предложениям
• Секретарь данных

• Председатели — должности: 6 (по одному на каждый подкомитет)
• Избранные члены — позиций: 8

Подкомитеты

• Подкомитет по вирусам ДНК и ретровирусам животных — исследовательские группы: 18
• Подкомитет по дцРНК и оцРНК-вирусов животных — исследовательские группы: 22
• Подкомитет по ssRNA + Viruses — исследовательские группы: 15
• Подкомитет по бактериальным и архейным вирусам — исследовательские группы: 19
• Подкомитет по грибковым и протистским вирусам — исследовательские группы: 11
• Подкомитет по вирусам растений — исследовательские группы: 22

Название и изменение таксонов

Предложения по новым названиям, изменениям названий, а также по установлению и таксономическому размещению таксонов рассматриваются Исполнительным комитетом ICTV в форме предложений. Перед принятием решения со всеми соответствующими подкомитетами и исследовательскими группами ICTV проводятся консультации.

Имя таксон не имеет официального статуса до тех пор, пока не будет одобрено ICTV, и названия будут приняты только в том случае, если они связаны с утвержденными иерархическими таксонами. Если для таксона не предложено подходящего названия, он может быть одобрен, а название не определено до тех пор, пока не будет принято приемлемое международное название, когда оно будет предложено и принято ICTV. Названия не должны передавать значение таксона, которое, казалось бы, либо исключает вирусы, которые по праву являются членами этого таксона, исключает членов, которые однажды могут принадлежать этому таксону, либо включает вирусы, которые являются членами разных таксонов.

Современная классификация

Современная классификация вирусов объединяет классификацию ICTV и классификацию по Балтимору.

В настоящее время для распределения вирусов по таксонам используется множество характеристик, доступных для измерения: морфология, физические и физико-химические свойства вирионов, тип геномной нуклеиновой кислоты, размер генома, количество нитей нуклеиновой кислоты, свойство белков, липидов, углеводов, антигенные свойства вирусов, репликация генома, серологическое родство, круг хозяев, способ передачи, связь с переносчиками, географическое распространение, тканевый тропизм, патогенность, патология, цитология, гистология.

Вирусы отнесены к царству Vira. По типу нуклеиновой кислоты выделяют рибовирусы (РНК- вирусы) и дезоксирибовирусы (ДНК-вирусы).

Предложены следующие таксоны (таксономические категории), по восходящей:

1. Вид (Shtcies) вируса – это наиболее важная единица иерархии в системе классификации. Определение вида вируса принято в следующей формулировке: «Вирусный вид является политипической категорией (классом) вирусов, которая составляет реплицирующуюся линию и занимает особую экологическую нишу».
2. Род (Genus) вируса представляет собой группирование вирусов, имеющих общие характеристики и отличающиеся от вирусов – членов других родов. Род обозначается наименованием с суффиксом –virus.
3. Подсемейство (Subfamilia) и семейство (Familia) – объединяют роды вирусов с общими характеристиками, но отличные от свойств вирусов других семейств. Для обозначения подсемейств используют суффикс –virinae,а для семейств –viridae.
4. Отряд (порядок) (Order) – собрание семейств вирусов с общими характеристиками, отличающими их от прочих порядков и семейств. Порядок обозначается наименованием с суффиксом –virales.

Отмечается, что категории подсемейств и родов разработано не для всех вирусов, а для фитовирусов классификация поднимается выше рода и семейства в очень редких случаях.

МКТВ в большинстве случаев использует, в качестве международных, английские названия вирусов.

Классификация вирусов по ICTV от 2012 года включает 7 отрядов (порядков): Caudovirales, Herpesvirales, Ligamenvirales, Mononegavirales, Nidovirales, Picornavirales, Tymovirales. Предполагается существование восьмого порядка Megavirales.

Статья составлена с использованием следующих материалов:

Власов Ю.И., Ларина Э.И., Трускинов Э.В. Сельскохозяйственная фитовирусология СПб.- Пушкин: ВИЗР, 2016. — 236 с. Приложение к журналу «Вестник защиты растений», Выпуск 17.

2.

Карташева И.А. Сельскохозяйственная фитовирусология, Учебное пособие. — М.: Колос; Ставрополь: АГРУС, 2007. — 168 с.

3.

Литусов Н.В. Общая микробиология. Иллюстрированное учебное пособие. – Екатеринбург: Изд-во УГМУ, 2015. – 516 с.

4.

Литусов Н.В. Физиология бактерий. Иллюстрированное учебное пособие. – Екатеринбург: Изд-во УГМУ, 2015. – 43 с

5.

Шевцова Л.В. Вирусология. Практическое пособие для студентов 3 курса специальности 1 – 31010102 «Биология» В 2 частях. Часть 1Министерство образования республики Беларусь, Учреждение образования «Гомельский государставенный университет имени Франциска Скорины», Гомель, 2010 – 58 с.

Свернуть
Список всех источников

Балтиморская классификация вирусов

Цена на Балтиморская классификация Вирусы — это система классификации вирусов, предложенная Дэвидом Балтимором в 1971 году, основанная на природе вирусного генома и стратегии вирусной репликации.
Это важная система классификации в вирусологии, поскольку она группирует вирусы на основе их способа репликации и их генетического материала, а не на основе их морфологии или круга хозяев.
Важность Балтиморской классификации заключается в ее способности предсказывать стратегии репликации вновь открытых вирусов на основе их генетического материала.

Эта система классификации облегчила понимание молекулярных механизмов репликации вируса и привела к разработке противовирусных препаратов и вакцин.
Это также помогло идентифицировать новые вирусы, которые могут вызывать заболевания человека и животных, и лучше понять эпидемиологию и патогенез вирусных инфекций.

Балтиморская классификация

Класс I: вирусы с двухцепочечной ДНК (дцДНК).

В качестве своего генома вирусы группы I содержат двухцепочечную ДНК (дцДНК). Их мРНК продуцируется посредством транскрипции способом, сходным с клеточной ДНК.

• Подкласс I: вирусы, размножающиеся в ядре клетки-хозяина.
• Подкласс II: вирусы, которые размножаются в цитоплазме клетки-хозяина.

Класс II: вирусы с одноцепочечной ДНК (оцДНК).

Вирусы группы II имеют геном, состоящий из одноцепочечной ДНК (оцДНК). Прежде чем может произойти транскрипция мРНК, их геномы превращаются в промежуточный продукт двухцепочечной ДНК.

Класс III: вирусы с двухцепочечной РНК (дцРНК).

Вирусы группы III имеют геном дцРНК. Нити расходятся, и одна из них служит матрицей для продукции мРНК кодируемой вирусом РНК-зависимой РНК-полимеразы.

Класс IV: одноцепочечные вирусы с положительной смысловой РНК (+ssRNA).

Позитивно поляризованная одноцепочечная РНК является геномом вирусов группы IV. Положительная полярность указывает на то, что геномная РНК может функционировать непосредственно как информационная РНК. В процессе копирования геномной РНК образуются репликативные интермедиаты, представляющие собой интермедиаты двухцепочечной РНК. Из этих промежуточных продуктов образуются множественные полноразмерные нити РНК отрицательной полярности (комплементарные геномной РНК с положительной цепью), которые затем могут служить матрицами для синтеза РНК с положительной полярностью, включая полноразмерную геномную РНК и более короткие вирусные мРНК. .

• Подкласс I: несегментированные вирусы +ssRNA
• Подкласс II: сегментированные вирусы +ssRNA

Класс V: одноцепочечные вирусы с отрицательной смысловой РНК (-ssRNA).

Отрицательная полярность геномов одноцепочечных РНК вирусов группы V указывает на то, что их последовательность комплементарна мРНК. Подобно вирусам группы IV, промежуточные соединения дцРНК используются для получения копий генома и мРНК. В этом случае геном с отрицательной цепью может быть непосредственно преобразован в мРНК. Кроме того, образуются полноразмерные положительные цепи РНК, которые служат матрицами для синтеза генома с отрицательной цепью.

• Подкласс I: несегментированные вирусы -ssRNA.
• Подкласс II: Сегментированные вирусы -ssRNA

Класс VI: вирусы с обратной транскрипцией РНК (RT-RNA).

Затем дцДНК переносится в ядро ​​клетки-хозяина и вставляется в геном хозяина. Вирусы VI группы имеют диплоид (две копии) геномов оцРНК, которые необходимо трансформировать в дцДНК с помощью фермента обратной транскриптазы. После интеграции вирусной ДНК в геном хозяина транскрипция этой ДНК может генерировать мРНК.

• Подкласс I: вирусы, которые используют промежуточную ДНК в своем цикле репликации.
• Подкласс II: вирусы, которые используют промежуточную РНК в своем цикле репликации.

Класс VII: вирусы с обратной транскрипцией двухцепочечной ДНК (дцДНК).

Чтобы облегчить репликацию генома, обратная транскриптаза превращает промежуточные соединения одноцепочечных РНК, которые действуют как мРНК для вирусов группы VII, обратно в двуцепочечные ДНК.

Классификация вирусов на основе наличия ряда цепочек

Вирусы можно классифицировать по количеству нитей в их генетическом материале. Генетический материал вируса может быть одноцепочечной или двухцепочечной РНК или ДНК. Исходя из этого, вирусы можно разделить на четыре группы:

1. Одноцепочечные ДНК-вирусы (оцДНК): Генетический материал этих вирусов состоит из одной нити ДНК. Примеры включают парвовирус и цирковирус.
2. Двухцепочечные ДНК-вирусы (дцДНК): Эти вирусы имеют две нити ДНК в качестве генетического материала. Примеры включают герпесвирус и аденовирус.
3. Одноцепочечные РНК-вирусы (оцРНК): Генетический материал этих вирусов состоит из одной нити РНК. Примеры включают норовирус и вирус гепатита С.
4. Двухцепочечные РНК-вирусы (дцРНК): Эти вирусы имеют две нити РНК в качестве генетического материала. Примеры включают ротавирус и реовирус.

Примеры оцДНК, дц, дцРНК, одноцепочечная РНК

Тип нуклеиновой кислоты	Примеры вирусов
Одноцепочечная ДНК (оцДНК)	Парвовирус B19, цирковирус свиней и радужный вирус беспозвоночных 6
Двухцепочечная ДНК (дцДНК)	Вирус простого герпеса, вирус папилломы человека и вирус ветряной оспы
Одноцепочечная РНК (оцРНК)	Вирус Эбола, вирус гепатита С и вирус гриппа
Двухцепочечная РНК (дцРНК)	Реовирус, ротавирус и вирус синего языка
Одноцепочечная РНК с положительным смыслом (+ssRNA)	SARS-CoV-2 (вирус COVID-19), вирус гепатита А и вирус Зика
Одноцепочечная РНК с отрицательным смыслом (-ssRNA)	Вирус бешенства, вирус кори и вирус лихорадки Ласса
Ретровирус	Вирус иммунодефицита человека (ВИЧ), Т-клеточный лимфотропный вирус человека (HTLV) и вирус лейкемии кошек
гепаднавирус	Вирус гепатита В
Каулимовирус	Вирус папилломы человека
Цирковирус	Цирковирус свиней